A retirada do cateter duplo J é feita pela uretra (canal da urina) e deve ser sempre realizada ou supervisionada por um urologista. O procedimento pode ser feito manualmente ou através de endoscopia, dependendo do tempo que o cateter precisa ficar colocado.
Nos casos em que o cateter precisa ficar colocado apenas alguns dias, a remoção pode ser feita manualmente. Nessas situações, é colocado um cateter duplo J com um fio externo para a sua retirada. Para removê-lo, o médico simplesmente puxa o fio de Nylon.
Quando há necessidade de se ficar com o cateter por um tempo mais prolongado (semanas ou meses), a retirada é feita por endoscopia. O procedimento é feito introduzindo um aparelho com uma câmera e uma pinça, através da uretra, até chegar à bexiga. Depois, com o auxílio da pinça, o médico segura o cateter duplo J e retira-o.
Após a retirada do cateter, algumas pessoas sentem uma ligeira dor por até 3 dias. Contudo, a dor tende a desaparecer espontaneamente após esse período.